Logo nos oito episódios da série há tipo um desfile de vilão da semana, ou o caso da semana em uma estrutura sem serialização que torna a experiência de assistir à série bastante dolorosa. A série tem seus altos a partir do episódio 10 - The Bridge, que, como o nome diz, começa a fazer a ponte entre os diversos personagens a que somos apresentados nos episódios anteriores. Na verdade, a série sobe substancialmente de qualidade, passando, finalmente, a ser serializada, contando uma narrativa apenas com diversas sub-tramas, exatamente como deveria ter sido mais claramente exposto desde seu começo.
Primeira Temporada
Episódio 1 "Pilot"
Após os eventos de Homem de Ferro 3, o agente Phil Coulson, tendo sobrevivido a sua aparente morte em Os Vingadores, reúne uma equipe de agentes (May, Ward, Fitz e Simmons) para investigar um super-humano, Mike Peterson. Skye, uma hactivist que viu Peterson em ação, avisa sobre a S.H.I.E.L.D. e se oferece para ajudá-lo, mas ele recusa. Mais tarde, Skye é raptada por Coulson e Ward para interrogatório. É revelado que Peterson estava sendo cobaia da Extremis que contem um soro do Projeto Centopéia. Ao visitar a cena em que Peterson resgatou uma mulher de um prédio em chamas, a equipe de Coulson descobre que o fogo foi causado por um outro sujeito que explodiu devido ao Extremis. Skye é sequestrada por Peterson, que agora está em fuga e faz com que ela apague toda as suas informações pessoais. A equipe de Coulson é capaz de encontrá-los e prender Peterson, levando-o em custódia para a S.H.I.E.L.D.. Depois, vendo Skye como um ativo, Coulson oferece-lhe um lugar na equipe.
Episódio 2 "0-8-4"
Coulson encontra sem querer a Comandante Camilla Reyes quando ele e seus agentes viajam para o Peru para investigar um misterioso objeto.
Episódio 3 "The Asset"
Quando um brilhante cientista, Dr. Franklin Hall, é sequestrado, o agente Coulson e seus agentes precisam correr contra o tempo para localizá-lo. Skye é a única esperança, mas o time atinge seu limite quando o plano inteiro vira de cabeça para baixo
Episódio 4 "Eye Spy"
O agente Coulson e a equipe S.H.I.E.L.D. tentam localizar uma mulher misteriosa que cometeu sozinha vários assaltos arriscados. Mas, quando a identidade dela é revelada, um segredo preocupante pode arruinar Coulson.
Episódio 5 "Girl in the Flower Dress"
Uma garota ardilosa em um vestido florido talvez tenha a chave para o mistério que leva o agente Coulson e o time para a Ásia para resgatar um jovem com um poder incomum e perigoso. Enquanto isso, Skye tem um segredo que coloca a sua relação com o time em risco justo quando eles mais precisam dela.
Episódio 6 "FZZT"
Quando surge um corpo flutuante, Coulson e os agentes da S.H.I.E.L.D. devem caçar um assassino ardiloso. Ninguém está a salvo, nem mesmo o time.
Episódio 7 "The Hub"
Perigosos segredos estão sendo escondidos de Coulson e seu time e ele tem que achar brechas no sistema para salvar Ward e Fitz, que foram enviados para uma missão nível 8 que pode acabar em tragédia.
Episódio 8 "The Well"
Seguindo os eventos de Thor: O mundo sombrio, Coulson e os Agentes da S.H.I.E.L.D. recuperam as peças pedidas e uma delas ameaça destruir um membro do time.
Episódio 9 "Repairs"
Coulson e seu time são assombrados por uma força misteriosa que ameaça destruir todos, e somente um segredo do passado de Melinda May pode salvá-los.
Episódio 10 "The Bridge"
Coulson vai levar a guerra de volta para a Centipede, e dessa vez vai trazer Mike Peterson para um suporte de super soldado. Quanto mais eles chegam perto da verdade, segredos alarmantes são revelados e uma reviravolta ameaça o time
Episódio 11 "The Magical Place"
Continuação do episodio anterior Após uma perda Indesejável, os Agentes recebem uma visita não muito agradável, Coulson começa a investiga oque ouve com ele durantes esse 6 meses que ele sumio.
Eísódio 12 "Seeds"
Coulson e May descobrem informações alarmantes sobre o passado de Skye, enquanto o time é varrido por uma tempestade na Academia S.H.I.E.L.D.
Episódio 13 "T.R.A.C.K.S."
com um efeito borboleta nesse Ep é marcado por uma variação no tempo, numa missão em andamento Coulson e sues agentes devem resolver o caso com em um trem. e algo pode acontece a Skye
Episódio 14 "T.A.H.I.T.I."
Após efeitos do Episodio anterior Coulson descobrir que a unica coisa que pode salvar Skye é algo do Projeto H.A.V.A.I o mesmo que o Salvou, Coulson recebem uma ajuda do velho amigo. coisas da Origem de Skye começão a ser revelado
Episódio 15 "Yes Men"
Com um Perigo Mistico na terra os Agentes recebem a Ajuda de uma velha amiga de Thor e Coulson, Sif aparece para detê a ameaça.
Episódio 16 "End of the Beginning"
Os agentes Garrett e Triplett estão de volta para ajudar a equipe de Coulson a rastrear o principal inimigo da S.H.I.E.L.D. – o Clarividente. Mas será que Deathlok irá destruir todos eles para proteger a identidade do seu mestre?
Episódio 17 "Turn, Turn, Turn"
Após efeitos do Filme Capitão América 2 – O Soldado Invernal Com Segredos sendo revelado sobre inimigos na S.H.I.E.L.D todos são suspeitos levando a duvida do mas Proximos.
Episódio 18 "Providence"
Como o coronel Glenn Talbot em seu encalço, Coulson e o time procuram refúgio no último lugar que alguém espera, onde eles começam a descobrir os mais perigosos segredos da S.H.I.E.L.D., algo capaz de destruir a todos.
Episódio 19 "The Only Light in the Darkness"
Após a H.I.D.R.A ser revelada todos são convocados a fazer um texto para saber ser a Infiltrados na Base Secreta, levando a uma revelão que choca a todos.
Episódio 20 "Nothing Personal"
Justo quando não há ninguém mais em quem se possa confiar, a agente Maria Hill, volta para se unir a Coulson, enquanto a S.H.I.E.L.D. é destruída ao redor deles.
Episódio 21 "Ragtag"
com um plano da H.I.D.R.A de Invade uma Prissão da S.H.I.L.D.E ela a tudo da errado para eles.
Episódio 22 "Beginning of the End"
Com Nada mas a Pede Coulson e sua Equipe sãos os poucos agentes que restou tem a Missão de tenta acaba com o Plano da H.I.D.R.A. Após tudo ser controlado Por enquanto Nick Fury entraga algo a Coulson para ele mesmo reconstruir a Nova S.H.I.L.D.E sem Segredos ou Passado Obscuro uma S.H.I.L.D.E Como era pra ser.
