A tese principal de Däniken – pela qual ele tem batalhado desde os primeiros livros – é de que os deuses de todas as religiões, sejam elas grandes ou pequenas, na verdade eram astronautas extraterrenos que estiveram aqui há muitos milhares de anos. Para provar suas teses, em "Sim, Os Deuses Eram Astronautas" o autor analisa muitas crenças ao redor do globo, se concentrando principalmente na tradição Judaico-Cristã e no Hinduísmo.

O início do livro analisa alguns trechos da Bíblia. A tese principal de Däniken é de que um Deus perfeito não seria tão incoerente como aquele que aparece no Antigo Testamento. Däniken tenta apresentar algumas provas de que na Bíblia são descritas algumas tecnologias sofisticadas.

Depois disso o autor analisa alguns milagres da Igreja Católica, principalmente o de Fátima. Segundo Däniken, o impressionante fenômeno do prodígio do sol (quando 70 mil pessoas viram o astro, entre outras coisas, girar sobre si mesmo, andar de um lado para outro e lançar no espaço cascatas de cores vermelha, verde, azul e roxa) foi, na verdade, uma maneira que extraterrenos utilizaram para mandar algum recado para os terráqueos – qual recado, exatamente, o autor parece não saber. Däniken, também neste capítulo, entra em especulações sobre o Terceiro Segredo de Fátima.

Os argumentos mais fortes do escritor alemão aparecem em sua longa análise da gigantesca literatura antiga indiana, como os Vedas e o Mahabharata. Däniken mostra trechos onde, por exemplo; armas sofisticadíssimas; batalhas no espaço; viagens a Lua e a Marte; e mesmo a radioatividade eram descritos, segundo ele, em detalhe. Realmente, é de se ficar perguntando de onde os antigos hindus tiravam idéias para descrever tantos eventos fantásticos.

Sobre como estas civilizações extraterrenas vieram há um tempo enorme para cá com tecnologias muito mais sofisticadas que a nossa atual, e praticamente não deixaram rastros, Däniken responde que, se os vestígios da Segunda Guerra Mundial se concentram quase que só em museus, o que dirá de acontecimentos extraordinários aqui há muitos milhares de anos? Mas, mesmo assim, acrescenta, vestígios existem – e ele passa a descrever alguns deles. Por exemplo, aquelas famosas fotos de Marte mostrando algo parecido com uma imensa pirâmide, além de outras estruturas retangulares (ilustração acima). Outro vestígio são linhas na Lua que ninguém sabe de onde vieram (ilustração do índice desta edição). Isto sem contar coisas estranhas aqui na Terra, como o uso de mercúrio e mica por povos antigos e a detecção de radioatividade em escavações na Índia. Däniken, entretanto, lamenta a falta de dinheiro para pesquisas mais aprofundadas – agrava o fato de que praticamente ninguém, nos meios científicos, parece levá-lo a sério.

Däniken acha que os humanos apenas viam acontecimentos extraordinários ocorrerem, sem entender direito o que acontecia. Para tentar elaborar tudo isto, os homens da Antigüidade acabavam achando que os extraterrenos eram deuses e descreviam o que viam da maneira possível para a época. Primeiro oralmente e depois em livros baseados na tradição oral.